L’ampio sipario che si apre sull’altare maggiore è uno degli elementi architettonici più significativi.
All’interno si conservano diverse tele di pregio, tra cui spicca la pala d’altare raffigurante la Madonna della Misericordia.
Accanto alla chiesa si trova il convento, abitato dai Francescani dal 1259 (oggi adibito ad abitazioni private), con un elegante e ampio chiostro al cui centro è ancora visibile il pozzo. 
La chiesa oggi ospita una delle sezioni del Museo Diffuso delle Confraternite Riunite di Orte ed è sede della Confraternita della Misericordia (colore nero).